本学全体の学術研究における基本方針及び実施体制を定め、その成果を広く社会に還元していくための戦略的マネジメント体制を構築するために、学長を議長とする「学術研究戦略会議」を新たに設置した。
この会議は研究大綱等の大方針を迅速に決定するため、学長以下、両研究科長、研究推進・支援本部長等が参加し、さらに事務的な側面からも支援すべく、事務局長、事務局次長、事務局両部長及び学術研究に関するマネジメントを推進するために必要と学長が認めた者が出席する、本学の研究に特化した最高議決機関である。
私立大学研究ブランディング事業における自己点検評価については、「学術研究戦略会議」の下、具体的な施策や執行を担当する「研究推進・支援本部」が行う。3年目終了時（中間報告）及び5年目終了時（最終報告）に各研究チームから、自己点検報告書を提出させ、それに対し「研究推進・支援本部」が評価を実施し、その結果を自己点検評価コメントとしてフィードバックする。
また、私立大学研究ブランディング事業における外部評価については、各研究チームから研究進捗状況報告書を提出させ、研究進捗状況評価コメントとしてフィードバックする。この評価に対して公平性を担保するために、研究内容について専門的な知見を有する外部評価委員として、東京大学(辻本 元教授)、北海道大学(稲葉 睦教授)、早稲田大学(服部正平教授)を選出し、また、研究成果を波及させようとする企業から、動物アレルギー検査（株）(増田健一社長)を選出し、毎年外部評価を受けられる体制を整備した。
「研究推進・支援本部」から各研究チームにフィードバックした自己点検評価コメント及び研究進捗状況評価コメントに対して、各研究チームは、その改善報告を「研究推進・支援本部」に提出する。「研究推進・支援本部」では自己点検報告書、研究進捗状況報告書及びそれに対する改善報告等を取りまとめ、「学術研究戦略会議」に報告することとなる。
「学術研究戦略会議」ではこの報告を受け、この私立大学研究ブランディング事業がより円滑に行われるよう協議し、その支援体制を強化することに努める。さらには、各研究チームの次年度の研究継続の可否や研究費の配分額についても決定する。
また、本事業の研究成果の報告を受けた「学術研究戦略会議」では、大学WEBサイト、SNS、プレスリリース等を積極的に活用して、本学が絶えず躍動している感をこまめにそして継続的に発信することにより、大学の特徴や強みを一層効果的に波及させ、ブランド力向上に常に努めるようにする。
そのほか本ブランディング事業の学外との有機的な連携機関としては、東京都医学総合研究所、東京大学、横浜市立大学、鹿児島大学、理化学研究所などの研究機関に加え、海外の研究拠点であるウィスコンシン大学、エモリー大学、テキサス大学、民間企業では（株）ヤクルトや味の素（株）などの大手食品メーカー、（株）電通、Softbank（株）、（株）NTT Docomoなど、これまでの共同研究実績のあるメディア媒体との連携をさらに深め、本事業内容に適宜アドバイスを受けながら、修正改善を実施し、適切に進められるよう準備が整っている。
